La presente investigación tuvo como objetivo identificar los niveles de logro de aprendizaje en matemática y lectura obtenidos por los estudiantes de segundo grado de secundaria, en la Evaluación Censal de Estudiantes (ECE), durante el año 2018, utilizando el análisis exploratorio de datos espaciales y análisis de componentes principales,  y determinar si existe autocorrelación espacial entre los niveles de logro de aprendizaje en matemática y lectura obtenidos por los discentes del segundo grado de secundaria en la ECE en las regiones del Perú. Este estudio se desarrolló dentro de un enfoque cuantitativo el cual se fundamenta en el método hipotético deductivo, no experimental, de diseño transversal porque apuntó en un momento y tiempo definido, el año 2018. El método de recolección de datos que se utilizó fue el de datos secundarios, porque se utilizó la ECE en discentes de segundo grado de secundaria en Perú, el año 2018. Los resultados permitieron determinar el nivel de logro de aprendizaje previo al inicio en matemática y lectura, obtenidos por los estudiantes de segundo grado de secundaria, los más importantes, corresponde a las regiones de: Loreto, Amazonas, Ucayali, Huánuco, Huancavelica y Apurímac; con nivel de logro de aprendizaje en inicio en matemática, fueron: Tumbes, Piura, La Libertad, Ica y Callao;  con nivel de logro de aprendizaje en inicio en lectura fueron: Tumbes, Piura, Cajamarca, San Martín, Ucayali y Madre de Dios.; asimismo se demostró que existe autocorrelación espacial  entre los niveles de logro de aprendizaje en matemática y lectura obtenidos por los discentes del segundo de secundaria en la ECE. (p < 0.05).