Élevé sur le trône d’Éphèse en 519 dans le contexte de la politique de Justin Ier hostile aux monophysites, Hypatios bénéficie de la faveur de Justinien. Il fait figure de porteparole officiel de l’orthodoxie chalcédonienne, surtout lors du concile réuni en 536 à Constantinople, et se voit confiées plusieurs missions diplomatiques, en particulier auprès de la papauté. Sa brusque déposition en 540 ou 541 paraît à la fois surprenante et problématique, car elle est seulement connue par Michel le Syrien, un auteur jacobite du 11e siècle qui, de surcroît, fait d’Hypatios un manichéen. L’examen des sources religieuses rédigées dans le contexte des controverses dogmatiques des 6e-7e siècles indique l’invraisemblance de ce qualificatif. L’accusation de manichéisme paraît surtout employée contre l’aphthartodocétisme, une doctrine christologique improprement attribuée à l’évêque monophysite Julien d’Halicarnasse, mort vers 528. Le récit polémique de la déposition d’Hypatios et la présentation caricaturale de la pensée religieuse de Julien d’Halicarnasse ne permettent plus de considérer avec certitude Hypatios comme un sectateur de Julien.